昔、魔法大国コヴォマカ国にて、平和と平和の間に三日間「戦争」が起こった。戦争自体、国民には伏せられていたが、その「戦争」後、一人の男が次なる戦いに備え、走り回っていた。
それから数年。幼い頃からあちこちにいる様々な精霊を見たり会話したり出来、そのせいで周囲から気味悪がられ敬遠されていた主人公（男女選択可能）は、ウィル・オ・ウィスプ魔法学校長グラン・ドラジェの誘いで、ウィル・オ・ウィスプへ入学することとなる。
ある日、ウィル・オ・ウィスプの生徒達は臨海学校に行くこととなった。その活動場所・ヴァレンシア海岸は、毎年臨海学校に参加した生徒が数人行方不明になるといういわく付きの場所だったが、今回も予定通り実施された。
始めはそれぞれ有意義な時間を過ごしていた生徒達だが、夕方、海岸に突然謎のモンスター「エニグマ」が現れる。エニグマは生徒達を全員どこかへ連れ去ってしまう。
さらわれた生徒達は何処にいるのか、エニグマは何者なのか、国に起こった「戦争」の真実とは……。